長野電鉄湯田中駅のトイレで佐藤誠の刺殺体が発見された。佐藤と待ち合わせをしていた恩師の木本啓一郎と佐藤の二人はかつて松代大本営跡の調査をしたことがあったのだが、佐藤が大本営跡近くで二体の白骨を発見したことを突き止める。一方、十津川警部と大学で同窓だった中央新聞社会部記者の田島は学生時代に木本の講義を受けていたことから事件に関心を抱き取材を始めたものの、突然失踪したのだ!?　事件の背後に蠢く戦時中の暗い裏面…。

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