怪物へと変身した蟻元（ありもと）に襲われた基町走太郎（もとまち・そうたろう）は、電脳騎士アルゴを自分の体内に入れる。そして、アルゴとともに蟻元を撃破した走太郎だったが、そこに蟻元を操っていた黒幕・電脳世界の神が出現する。走太郎のことをバグとみなして消去しようとする神に、アルゴは戦いを挑んでいく。

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